La historia de este Colegio empezó siendo también la del Seminario San Antonio, que se abrió en Pamplona en 1929, recibiendo a los seminaristas que estaban de momento atendidos provisionalmente en el centro de Olaz-Chipi de Huarte y que, en años anteriores, habían sido enviados al Seminario San José de Godella. Y con los seminaristas empezó también la historia docente de este Centro en el que, por lo general, se cursaban los dos primeros años de humanidades y cuya capacidad era de unos 80 internos. Tras la Guerra Civil, se estableció aquí el noviciado de manera provisional entre 1939 y 1940.